Der Workflow kann mit einem Doppelklick geöffnet werden. Die Definition des Workflows ist ähnlich der von ANT-Build-Skripten. In der ersten Hälfte sind Properties definiert. Dies sind projektspezifische Einstellungen wie Pfad und Dateiname des Modells sowie Standardwerte für die Workflow Komponenten. In der zweiten Hälfte des Workflows sind die Workflowkomponenten definiert, die die Transformationsschritte vom Modell bis zum Quellcode definieren:
1. Die erste Workflowkomponente liest ein UML2-Modell ein, validiert es und transformiert es in ein GeneSEZ-Modell
2. Danach wird das GeneSEZ-Modell mit allgemeinen Regeln auf Korrektheit überprüft
3. Als drittes wird das GeneSEZ-Modell auf Java-Konformität überprüft
4. Die vierte Workflowkomponente serialisiert das GeneSEZ-Modell in eine Datei
5. Als letztes wird das GeneSEZ-Modell mit Hilfe der Java-Templates in Java-Quellcode transformiert
Die Parameter der einzelnen Workflow Komponenten sind in der Workflow-Referenz erklärt: GeneSEZ Workflow Referenz.